Sekretariat dipimpin oleh seorang Sekretaris yang mempunyai tugas melakukan pelayanan administratif dan teknis kepada semua unsur di lingkungan Badan Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah Kabupaten Belitung. Sekretariat mempunyai fungsi :

1. Pengkoordinasian penyusunan perencanaan dan penganggaran program dan kegiatan pengelolaan keuangan dan aset ;
2. Pemberian dukungan administrasi yang meliputi ketatausahaan, Aparatur Sipil Negara, keuangan, kerumahtanggaan, kerjasama, hubungan masyarakat, kearsipan dan dokumentasi ;
3. Pengkoordinasian penyusunan rancangan produk hukum daerah di bidang pengelolaan keuangan dan aset;
4. Pengelolaan barang milik/ kekayaan daerah;
5. Pemberian saran dan pertimbangan kepada atasan terkait bidang tugasnya; dan
6. Pelaksanaan tugas-tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai dengan tugas dan fungsinya.